استدعى المدير الفني لمنتخب مصر الأول لكرة القدم الأرجنتيني هيكتور كوبر، محمد عبد الشافي ظهير أيسر فريق أهلي جدة السعودي لخوض لقائي الكونغو الديمقراطية الودي وتنزانيا في تصفيات أمم أفريقيا 2017.

ولم يخض عبد الشافي أي مباراة مع منتخب مصر في عام 2016، وغاب لفترة طويلة عن الفراعنة وفريق الأهلي بسبب الإصابة التي عانى منها بخشونة في الركبة وأبعدته عن الملاعب للخضوع إلى العلاج الطبيعي.